後継者は、遺留分に関する民法の特例制度により、株式や持分以外の財産についても遺留分に関する特例を適用させることができるのですか？

可能です。

後継者が先代代表者から会社が使用している不動産や事業資金として使用する現金等の贈与を受けている場合、合意により、遺留分算定の基礎財産に算入しないことにすることが可能です。先代代表者個人の財産であっても、事業継続に不可欠な財産がありますが、このような財産についても後継者に集中させ経営を円滑にするために設けられました。