合併には吸収合併と、新たな会社を設立して、当事会社の権利義務がその会社に包括的に承継され、当事会社がいずれも消滅する場合があります。
吸収合併の場合には認定を受けた会社が存続する場合には、合併後に認定の条件が維持されているかどうかが問題となります。
吸収合併の場合で認定を受けた会社が消滅する場合や新設合併の場合には、会社の消滅により認定の効力も原則としては消滅することになります。ただし、吸収合併による存続会社が合併効力発生日に、新設会社の設立日に、それぞれ一定の要件を有することについて、経済産業大臣の認定を受けた場合には、消滅会社の認定の効力を引継ぐことができます。