長年別居生活をしていても、法律上配偶者であるならば相続人になります。また、別居中に生計をともにする異性がいても、相続人となるのです。
民法は、法律上の配偶者であるか否かのみで相続人か否かを決定する立場をとっていますので、配偶者が実体的に婚姻関係を継続しているかどうか、愛人がいるかどうかは問題にならないのです。これには、違和感を覚えるかもしれません。しかし、民法が、ただでさえ複雑な相続の問題がより一層複雑になることを、相続人の決定を画一的に行うことで防止しようとしているだということで理解してください。