遺言書を確認したところ私の遺留分が侵害されていることが判明しました。既に遺言書に基づいて遺産分割も終了しました。どのように対処すればよいでしょうか？

まず、内容証明郵便で遺留分減殺請求の意思表示を行うべきです。

ただ、相手が応じてくれなければ意思表示を行っただけでは何も解決しません。

遺留分を侵害しているのが相続人であるならば、家庭裁判所に調停の申立をするのがよいと思います。遺留分を侵害しているのが相続人でないのなら、民事調停で話合う、あるいは地方裁判所に訴訟を提起することになるでしょう。