後継者が贈与を受けた株式等の評価額を合意時点で固定することの合意のメリットは理解できましたが、デメリットはないのですか？

デメリットもあります。

後継者がいくら努力しても経営環境の変化により会社の業績が悪化し、先代から承継したときよりも株式などの価値が大幅に下落することも考えられます。このような場合、株式などの評価額を合意時点で固定したために、相続が開始時における他の推定増続人の遺留分が逆に大きくなってしまうというリスクがあるのです。